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30 de agosto de 2026 · 9 min de lectura · Por Juan Cantón Rodríguez

Contabilidad de una tienda WooCommerce en España: pasarelas, IVA y cierre

WooCommerce no cobra: cobra tu pasarela, y ahí empieza el descuadre. Cómo conciliar Redsys, Stripe o PayPal, cuándo emitir factura y cuándo un ticket, qué hacer con el IVA intracomunitario y el OSS, y los cinco fallos que dejan el cierre de mes torcido.

Lo esencial
Quién cobraTu pasarela, no WooCommerce. Ahí empieza todo el lío
Por qué no cuadra el bancoStripe y PayPal liquidan en lotes y netos de comisiones
Factura o ticketB2C: ticket o asiento resumen. B2B: factura con NIF siempre
Ventas UEPasado el umbral de 10.000 €, IVA del país del cliente vía OSS
VerifactuSociedades 1-ene-2027, autónomos 1-jul-2027. Obliga al software
El descuadre más comúnRegistrar la liquidación de la pasarela como si fuera una venta

WooCommerce no cobra: cobra tu pasarela

Es la frase que resuelve el 80% de las dudas contables de una tienda WooCommerce, y casi nadie la dice al principio. WooCommerce registra que alguien ha comprado algo por 48 euros. El dinero, sin embargo, lo mueve Redsys, Stripe, PayPal o Bizum, y cada una lo hace a su manera y en su calendario.

De ahí sale el problema clásico: el importe que aparece en el extracto bancario no se parece a la suma de los pedidos del día. No es un error de nadie, es que estás mirando dos cosas distintas. Un pedido es una venta. Un ingreso en el banco es una liquidación.

Qué pasarela usas cambia toda la conciliación

No todas liquidan igual, y la diferencia condiciona cómo tienes que montar la contabilidad:

PasarelaCómo ingresaDónde duele
Redsys / TPV bancarioLiquidación periódica del banco, normalmente diariaLa comisión suele ir en una liquidación aparte, así que hay que cruzar dos documentos distintos
StripePayouts en lotes, netos de comisiones y reembolsosUn apunte bancario puede contener decenas de pedidos. Sin descomponerlo no cuadra nada
PayPalSaldo en PayPal y retiradas cuando tú decidesPayPal es una cuenta más, no un cliente. Si no la tratas como tal, el saldo retenido desaparece de tus libros
BizumSegún el proveedor, junto al TPV o por separadoSuele acabar mezclado con cobros personales si la cuenta no está separada

La regla práctica: cada liquidación tiene que poder descomponerse en los pedidos que la forman más las comisiones que se han restado. Si tu sistema no puede hacer eso, el cierre de mes va a ser siempre a mano.

Factura por pedido o asiento resumen

Es la decisión que más condiciona el resultado y la que menos se piensa, porque casi todos los conectores la toman por ti nada más instalarlos.

  • Tienda B2C con ticket medio bajo: un asiento resumen de las ventas del día, y factura completa solo a quien la pide con su NIF. La contabilidad se queda legible.
  • Tienda B2B: factura nominativa siempre, con NIF, y numeración por serie. Aquí no hay atajo.
  • Mixta: series separadas y una regla clara de cuándo se emite cada cosa. Es más trabajo de configuración al principio y mucho menos después.

El IVA: el 303, el recargo de equivalencia y el OSS

Tres cosas que hay que tener resueltas en el propio WooCommerce, porque si el pedido no guarda el dato, ningún programa de contabilidad se lo va a inventar después:

  • Tipos por producto: no todo va al 21%. Libros, alimentación y ciertos servicios tienen tipos reducidos, y la tienda tiene que aplicarlos por artículo, no por defecto.
  • País del comprador: es el campo del que depende todo lo intracomunitario. Si vendes a consumidores de la UE y pasas el umbral de 10.000 euros anuales, repercutes el IVA del país del cliente y lo declaras por ventanilla única (OSS).
  • NIF y validación: para B2B intracomunitario, un NIF-IVA válido cambia el tratamiento de la operación. Pedirlo en el checkout y validarlo evita rehacer facturas.

Verifactu: obliga al software, no a la tienda

Tras la prórroga del RD-ley 15/2025, las fechas vigentes son el 1 de enero de 2027 para sociedades y el 1 de julio de 2027 para autónomos. Lo que la norma exige es que el sistema informático de facturación sea íntegro, trazable e inalterable, con registro encadenado.

Traducido a una tienda WooCommerce: si facturas desde un programa adaptado, el fabricante resuelve el problema y tú solo tienes que activarlo bien. Si has montado la emisión de facturas dentro de WordPress con un plugin propio o a medida, ese desarrollo es el sistema de facturación y le aplica la norma. Lo desarrollamos en la guía de Verifactu y, para el caso concreto del ecommerce, en el post sobre la cadena de huellas.

Los cinco descuadres que más vemos

  1. 1. La liquidación como venta. El payout entra en el banco y se registra como un ingreso y ya está. Resultado: las ventas brutas quedan por debajo de la realidad y la comisión nunca llega a la cuenta de gasto.
  2. 2. El reembolso parcial. Devolver dos unidades de un pedido de cinco. Los conectores estándar o generan una nota de crédito por el total o no generan nada.
  3. 3. El desfase de fin de mes. El cliente paga el 30 y el dinero entra el 3. A caballo del cierre, eso hay que registrarlo o el mes sale torcido.
  4. 4. Pedidos cancelados que ya facturaron. Si la factura se emite al crear el pedido y no al cobrarlo, cada cancelación deja una factura que hay que rectificar a mano.
  5. 5. El SKU que no coincide. Es la avería silenciosa: cuando la referencia no casa entre tienda y programa de gestión, el stock deja de moverse sin dar ningún error.

Entonces, ¿qué programa uso?

Depende de si necesitas solo facturar o además llevar stock, compras y tesorería. Lo comparamos a fondo en qué ERP se conecta de verdad con WooCommerce. Si ya tienes claro el tuyo, aquí está el detalle de cada conexión: Holded, Odoo o QuickBooks.

Preguntas frecuentes

¿WooCommerce lleva la contabilidad de mi tienda?

No. WooCommerce es un gestor de pedidos y catálogo: registra qué has vendido, pero no lleva libros, no presenta impuestos y ni siquiera cobra el dinero. El cobro lo hace la pasarela (Redsys, Stripe, PayPal, Bizum) y la contabilidad la lleva un programa aparte. La integración entre los dos es lo que evita teclear pedidos a mano.

¿Por qué no me cuadra el banco con mis ventas de WooCommerce?

Porque casi ninguna pasarela ingresa el importe de la venta. Stripe y PayPal liquidan en lotes y netos de comisiones: un solo apunte bancario puede contener 40 pedidos menos las comisiones menos un reembolso. Si registras ese apunte como una venta, las ventas brutas, las comisiones y el banco nunca van a cuadrar entre sí. Hay que descomponer cada liquidación contra los pedidos que la componen.

¿Tengo que hacer una factura por cada pedido de la tienda?

En B2C con ticket pequeño normalmente no: puedes emitir tickets o un asiento resumen de ventas del día, y emitir factura completa solo a quien la pide con su NIF. En B2B sí, factura nominativa siempre. La decisión importa porque una factura por pedido en una tienda con volumen convierte la contabilidad en un vertedero, y muchos conectores la toman por ti sin preguntar.

¿Cómo afecta el IVA de otros países de la UE a mi WooCommerce?

Si vendes a consumidores de otros países de la UE y superas el umbral común de 10.000 euros anuales de ventas a distancia intracomunitarias, tienes que repercutir el IVA del país del cliente. La vía práctica es acogerse a la ventanilla única (OSS) y declarar todo eso en un modelo trimestral aparte. Para que salga bien, WooCommerce tiene que estar guardando el país del comprador y el tipo aplicado en cada pedido.

¿Verifactu obliga a mi tienda WooCommerce?

Obliga al software con el que emites las facturas, no al WooCommerce en sí. Tras la prórroga del RD-ley 15/2025 las fechas vigentes son el 1 de enero de 2027 para sociedades y el 1 de julio de 2027 para autónomos. Si facturas desde un programa adaptado (Holded, Quipu y similares) el problema lo resuelve el fabricante. Si emites facturas desde un desarrollo propio dentro de WordPress, ese desarrollo es un sistema informático de facturación y tiene que cumplir.

¿Qué pasa con los reembolsos parciales?

Es donde se atasca la mayoría de los conectores estándar: devolver dos unidades de un pedido de cinco o generan una nota de crédito por el total o no generan nada. Conviene probar ese caso concreto antes de dar la integración por buena, porque en una tienda con devoluciones es el descuadre que más se repite.

¿Las comisiones de la pasarela son gasto deducible?

Sí, son un gasto de explotación deducible, igual que el hosting o los plugins de pago. El error habitual no es dejar de deducirlas, es no registrarlas: si la liquidación entra en el banco como un ingreso por el importe neto, la comisión nunca llega a la cuenta de gasto y estás declarando menos ventas y menos gastos de los reales.

¿Tu tienda y tu contabilidad no se hablan?

Miramos cómo cobras, qué programa usas y dónde se está rompiendo el cuadre. Si lo resuelve un plugin de 50 euros, te lo decimos.

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